"Final Fantasy IX se sitúa en un mundo llamado Gaia (al igual que en FF1), y que se encuentra en el tiempo medieval, dividido en 4 distintas y apacibles regiones. Zidane Tribal, el protagonista, proviene del Reino de Lindblum, una tierra de paz liderada por un hombre llamado Cid (otro aspecto de vuelta obligada en la saga). A la reina de una región vecina, Alejandría, le ha ocurrido algún tipo de trastorno que le ha causado el dar órdenes a determinados grupos que ha contratado, para que ataquen a los reinos vecinos.

Este suceso no le hace mucha gracia a Cid, por lo que decide contratar y enviar a un grupo de bandidos (los cuales viajan en el teatro-volador Prima Vista, (que en verdad es su cuartel general), para que secuestren a la princesa de Alejandría: Garnet Tale Alexandros, la 17ª. El caballero real de Alejandría, Adelbert Steiner, encargado de la protección de la princesa, y la propia, deciden unirse por su propio pie al grupo de bandidos al reconocer por ellos mismos que la reina no sigue en sus casillas. Entre el grupo de bandidos, destaca Zidane, el protagonista.

Pero esto no le hace ninguna gracia a la reina, que envía a una armada de Magos Negros (temidos y respetados en todo Gaia), para que acaben con Lindblum y regresen a la princesa.

Aquí entra Vivi, un mago negro de tan solo 9 años que se encuentra neutral y paralelo en esta "guerra", y que decide por último unirse al grupo formado por Zidane, Garnet y Steiner, y huir de las tierras."