Tres años después del final del Final Fantasy VII, y uno después de Advent Children, aparece repentinamente un misterioso grupo que ataca a las ciudades. Son conocidos como los Deep Groun Soldiers, DG Soldiers, una banda de guerreros obligada a esconderse en los subterráneos a causa del Meteorito. Vincent Valentine está conectado de algún modo con estos hechos, aunque de una forma incierta por el momento.

Ahora que el mundo está envuelto de nuevo en la oscuridad, su revólver sonará una vez mas... pero Vincent no estará solo, algunos de sus viejos amigos aparecerán para ayudarle durante la aventura