Gracias al monopolio con la energía Mako y a su fuerte potencial militar, la compañía Shinra Electronic Power está expandiendo rápidamente su influencia por el mundo. En la ciudad de Midgar, símbolo de prosperidad, Shinra está estableciendo su base de poder, que avanza de forma rápida.

La Compañía Shinra posee una organización de soldados con grandes habilidades de combate, son los llamados SOLDADOS, y entre ellos, se ecuentran soldados con excelentes habilidades, los Soldados de Primera Clase, que inspiran respeto y envidia a las masas. Uno de los jovenes que aspira a Soldado de Primera Clase es Zack Fair, que trabaja duro en sus misiones diarias junto a su mentor, Angeal, gran Soldado de Primera Clase y mejor lider.

Por esta época, el incidente de la desaparición masiva de Soldados ocurrió durante las operaciones de combate en Wutai. Genesis, un Soldado de Primera Clase, desapareción sin dejar rastro junto a otros Soldados. Los altos cargos de la Compañía Shinra analizaron la situación y decidieron enviar Soldados para acabar con la guerra y aclarar el escándalo. Asi pues, Angeal y Zack, junto a otro Soldado de Primera Clase que empezaría a ser conocido en todo el mundo como un heroe, Sephiroth, fueron enviado a Wutai.

Cual es la verdad tras la desaparición de Genesis? Cual es el secreto encubierto por los tres Soldados enviados a Wutai? Una lucha con un destino cruel aguarda a Zack.