Dos años después de la muerte de Sinh, Yuna, Rikku y la nueva protagonista, Paine se adentrarán en una aventura en busca de la verdad sobre Spira que ha estado oculta por los clérigos de Yevon durante años. Aunque mas importante, Yuna va en busca de su amor, la estrella de los Zanarkand Abes. Una Esfera encontrada en las nevadas montañas de Monte Gagazet, encontrada por Kimahri quien había vuelto a se ciudad natal, la cual contendrá la clave para saber que le ha pasado a Tidus. En una aventura por toda Spira para encontrar Esferas de video que contengan el pasado del misterioso mundo, Yuna, Paine y Rikku se encontrarán con nuevos enemigos y con una nueva amenaza que tiene el potencial suficiente como para interrumpir la Eterna Calma. Pero, que pasará ahora que Spira está dominada por las ya no ilegales maquinas?.

Yuna viajará por el mundo con el nuevo barco volador, el Celsius, revisitando antiguos lugares ya visitados en el pasado peregrinage. Algunos lugares han cambiado considerablemente, como la remodelada Kilika. Ahora que Sinh es historia, las casas y ciudades pueden ser reconstruidas.

Lulu y Wakka actuakmente viven en Isla Besaid junto a Yuna, aunuqe con algún cambio, son marido y mujer y con un hijo. Kimahri lidera la Tribu Ronso en el Monte Gagazet, quien intenta reconstruir todo lo que fue destruido hace dos años. Paine, la nueva incorporación, es una mujer de 18 años cuyo pasado es misterioso. Con su fuerza, Paine será muy valiosa en la aventura junto a Yuna y Rikku. En un principio Rikku y Paine van a Besaid para saludar a sus antiguos compañeros de viaje, y para mostrarles la Esfera que había encontrado Kimahri. Yuna, después de meditar sobre el hallazgo, decide acompañarlas en una aventura en la que no estarán solos.

Todo el mundo desea saberlo todo sobre Spira. Un grupo de cazadores de Esferas serán una amenaza para las tres protagonistas. Sus nombres son Le Branc, Uno y Sano. Sin la religión de Yevon, un nuevo grupo llamado La Unión de la Juventud [Youth Union] va creciendo rápidamente por toda Spira.

Como ha cambiado el mundo desde que las máquinas adquirieron popularidad? Perdurará la Eterna Calma? Encontrará Yuna su amor eterno? Los secretos de Spira serán pronto desvelados a medida que se vayan encontrando nuevas Esferas.

La historia de Yuna no ha finalizado...